《德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别》是马克思的博士论文。马克思于1841年3月底完稿，4月6日寄给耶拿大学哲学系，并于4月15日，在本人未到场的情况下，以这篇论文获得耶拿大学哲学博士学位。
马克思选择这个题目是为了阐述青年黑格尔派的观点。19世纪30年代黑格尔在《哲学史讲演录》中首次提出了伊壁鸠鲁派、斯多亚派和怀疑派是古代的自我意识哲学家的观点。以布·鲍威尔为首的青年黑格尔派不仅接受了黑格尔的观点，而且超越了他们的老师，驳斥了当时的哲学史编纂学对这些体系的贬低和曲解，利用这些哲学体系表达了资产阶级民主派的政治要求，从而也论述了他们自己的哲学观点。
1839年初，马克思开始全面研究伊壁鸠鲁的哲学，作为研究的成果，最晚到1840年初产生了七本《关于伊壁鸠鲁哲学的笔记》。这七本笔记摘录了伊壁鸠鲁哲学的精髓，总结了19世纪30年代哲学界的争论，并提出了应该解决的问题，其中涉及伊壁鸠鲁的自然哲学及其同黑格尔的自然哲学的关系，以及它同德谟克利特的自然哲学的联系，但是二者的差别还没有像后来在博士论文中那样成为重点。在这七本笔记以后，马克思扼要地写了几条关于伊壁鸠鲁的原子学说的意见。另有一份手稿批判分析了普卢塔克对伊壁鸠鲁神学的论战，其中只有第三张流传下来了，这个片断以前是作为博士论文的《附录的片断》发表的，其实它在马克思尚未开始写博士论文时就已写成，它不属于博士论文，而可能是失传的一部研究古代哲学著作的一部分，因此未收入本卷。
1840年，马克思专门研究了德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别。根据鲍威尔1839年底和1840年初的几封书信来看，这时马克思正在研究海尔梅斯主义，还打算出一本书对它进行哲学的批判。可见，马克思动笔撰写博士论文大概是在1840年下半年。
论文题目确定以后，马克思就深入钻研古代文献，以便首先分析德谟克利特的自然哲学。如果把博士论文中的直接引文和间接引文同《关于伊壁鸠鲁哲学的笔记》中的摘录加以比较，可以看出这些笔记只是为博士论文提供了必要的资料。论文中有些引文抄自笔记，有些引文则经过马克思重新研究。而关于德谟克利特的最重要资料的引文都是笔记中所没有的。马克思广泛地挖掘当时能找到的所有关于德谟克利特和伊壁鸠鲁的资料。从而掌握了当时的全部学术资料。可惜在准备写作博士论文时所写的摘录笔记和草稿，都没有保存下来。
1841年3月底，博士论文完稿了。论文的题目是《论德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别》。在保存下来的稿本的目录中也是这样写的，而获得博士学位后写在封面上的题目则是《德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别》。现存的博士论文本身是一份不知由何人抄录的、经马克思修改补充的不完整的稿本。这显然是在3月底以前就已写成准备付印的那个稿本。为此马克思写了献词和序，但这里缺少论文目录中所提到的第一部分第4章、第5章和附录第2章的注释。
这篇博士论文在马克思生前没有发表，它第一次发表在弗·梅林编辑的《卡尔·马克思、弗里德里希·恩格斯和斐迪南·拉萨尔的遗著》1902年斯图加特版第1卷，但是删掉了绝大部分附注。全文第一次发表于《马克思恩格斯全集~1927年历史考证版第Ⅰ部分第1卷第1分册。
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